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3國(guó)自然項(xiàng)目答辯PPT
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22021歷年國(guó)自然標(biāo)書(shū)全文
4國(guó)自然熱點(diǎn)培訓(xùn)課
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527款生物科研軟件
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269個(gè)SCI實(shí)驗(yàn)操作步驟
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6近3年SCI實(shí)驗(yàn)資源匯總
8Excel函數(shù)合集
10SCI寫(xiě)作萬(wàn)能模板
三,、科研繪圖類(lèi)：1PPT科研繪圖素材合集
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4PPT/PS/AI科研繪圖視頻
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今日推送地學(xué)部
符力耘1964年中國(guó)石油大學(xué)（華東）
葛全勝1963年中國(guó)科學(xué)院地理科學(xué)與資源研究所
（略）
劉育1954年南開(kāi)大學(xué)
周鳴飛1968年復(fù)旦大學(xué)
技術(shù)科學(xué)部
楊紹普1962年石家莊鐵道大學(xué)
生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)學(xué)部
龔啟勇1963（略）
王擁軍1965年上海中醫(yī)藥大學(xué)
薛勇彪1962年中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所
數(shù)學(xué)物理學(xué)部
李嘉禹1963年中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)
沈健1968年復(fù)旦大學(xué)
信息技術(shù)科學(xué)部
張化光1959年?yáng)|北大學(xué)
化工、冶金與材料工程學(xué)部
陳代杰1957年4月上海交通大學(xué)
潘峰1963年8月清華大學(xué)
邱顯揚(yáng)1957年6月廣東省科學(xué)院
肖忠良1957年2月南京理工大學(xué)
楊槐1965年4月北京大學(xué)
（略）
環(huán)境與輕紡工程學(xué)部
邱學(xué)青1965年12月廣東工業(yè)大學(xué)
（略）
張名位1966年4月廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
機(jī)械與運(yùn)載工程學(xué)部
王建華1954年2月西安交通大學(xué)
（略）
張新國(guó)1958年11月中國(guó)航空研究院
能源與礦業(yè)工程學(xué)部
董書(shū)寧1961年2月中煤科工西安研究院（集團(tuán)）（略）
（略）
李子穎1964年1月核工業(yè)北京地質(zhì)研究院
（略）
譚國(guó)俊1962年8月中國(guó)礦業(yè)大學(xué)
唐傳祥1969年7月清華大學(xué)
田東風(fēng)1958年9月北京應(yīng)用物理與計(jì)算數(shù)學(xué)研究所
王安建1953年4月中國(guó)地質(zhì)科學(xué)院
（略）
（略）
（略）
（略）
農(nóng)業(yè)學(xué)部
（略）
董紅敏1964年9月中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展研究所
番興明1963年3月云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
高俊平1960年8月中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
黃季焜1962年9月北京大學(xué)
焦新安1964年9月?lián)P州大學(xué)
李立會(huì)1963年10月中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
梁正偉1962年3月中國(guó)科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所
劉娣1963年6月黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
王濤1959年11月中國(guó)科學(xué)院西北生態(tài)環(huán)境資源研究院
張海洋1963年12月河南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
趙新全1959年11月青海大學(xué)
土木,、水利與建筑工程學(xué)部
方東平1963年12月清華大學(xué)
李?lèi)?ài)群1962年7月北京建筑大學(xué)
李宏男1957年8月大連理工大學(xué)
（略）
倪陽(yáng)1963年5月華南理工大學(xué)
（略）
田軍倉(cāng)1958年3月寧夏大學(xué)
王沛芳1973年11月河海大學(xué)
（略）
曾光明1962年12月湖南大學(xué)
（略）
（略）
（略）
信息與電子工程學(xué)部
陳錢(qián)1964年11月中北大學(xué)
方向1963年12月中國(guó)計(jì)量科學(xué)研究院
姜秋喜1960年7月中國(guó)人民解放軍國(guó)防科技大學(xué)
李建東1962年10月西安電子科技大學(xué)
（略）
沈向洋1966年10月粵港澳（略）數(shù)字經(jīng)濟(jì)研究院（福田）
宋愛(ài)國(guó)1968年11月東南大學(xué)
（略）
王文海1967年8月浙江大學(xué)
（略）第二十研究所
醫(yī)藥衛(wèi)生學(xué)部
郝定均1959年1月西安交通大學(xué)
何建行1963年2（略）
胡豫1964年4月華中科技大學(xué)
李建生1963年9月河南中醫(yī)藥大學(xué)
陸前進(jìn)1962年6（略）
呂毅1963年4月西安交通大學(xué)
任建安1963年6月中國(guó)人民解放軍東（略）總醫(yī)院
王階1956年1（略）
吳效科1966年12（略）
楊惠林1960年3（略）
張衛(wèi)東1966年5月中國(guó)人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)
趙家軍1961年5（略）
（注：院士增選制度規(guī)定：連續(xù)參選三次就暫停一次）
前天，我們已經(jīng)給大家分享了GEO芯片測(cè)序limma差異分析非配對(duì)的萬(wàn)能代碼（點(diǎn)擊查看下載）,。昨天,，我們已經(jīng)給大家分享了GEO芯片測(cè)序limma差異分析配對(duì)的萬(wàn)能代碼（點(diǎn)擊查看下載）。我們也給大家免費(fèi)分享了配對(duì),、非配對(duì)合并之后的萬(wàn)能代碼（點(diǎn)擊下載）,。那上面這些都是芯片測(cè)序（Array）的分析包。那我們從GEO下載的或者我們自己測(cè)序的高通量測(cè)序（RNAseq）矩陣（Rawcount,。（略）給我們的一般是Rawcount,，或者FPKM/RPKMcount,，這個(gè)矩陣我們?cè)诎l(fā)文章的時(shí)候一般需要上傳到GEO或者TCGA）：
因此,，我們?cè)谕诰騁EO數(shù)據(jù)的時(shí)候，要么是Rawcount矩陣,，要么是FPKM/RPKMcount矩陣,。Rawcount矩陣一般用Deseq2包進(jìn)行差異分析,。FPKM/RPKMcount矩陣一般用limma包差異分析,。今天我們給大家分享的是Rawcount的Deseq2包差異分析萬(wàn)能代碼：“Rawcount的Deseq2包差異分析+熱圖+火山圖+GO分析+KEGG分析+GSEA分析全套萬(wàn)能代碼（附代碼交流群）”如下免費(fèi)下載：??①長(zhǎng)按下方二維碼關(guān)注??
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
是全套的萬(wàn)能代碼，自動(dòng)判斷同基因名處理,，你只要知道下載的數(shù)據(jù)有幾個(gè)樣本就行,。差異分析+熱圖+火山圖+GO分析+KEGG分析+GSEA分析，萬(wàn)能代碼一鍵搞定,。大家可以進(jìn)群,，群內(nèi)不答疑，可代碼共享,。下面開(kāi)始操作：一,、數(shù)據(jù)下載：DESeq2是一個(gè)比較常用的轉(zhuǎn)錄組分析R包，包的使用非常簡(jiǎn)單,，與之前的limma包不一樣,，DESeq2需要的數(shù)據(jù)是Rowcounts矩陣，這點(diǎn)非常重要,。所以不管你自己的測(cè)序數(shù)據(jù),，還是GEO下載的數(shù)據(jù)，你需要明確是不是Rowcounts矩陣,。比如我從GEO下載GSE169758的測(cè)序數(shù)據(jù)（我這里只是舉例子）,，如下操作，（略）站（swyxzj.com）進(jìn)入GEO官網(wǎng)：
檢索GSE號(hào),，并且明確知道是測(cè)序數(shù)據(jù),，不是芯片數(shù)據(jù)：
點(diǎn)擊下載rawcount：
下載、解壓,，整理成下面（前面三個(gè)對(duì)照組,，后面3個(gè)實(shí)驗(yàn)組）：
下面我們可以跑代碼了。二,、運(yùn)行代碼：將rawcount矩陣和代碼放在同一個(gè)文件夾下（RNAseq_Deseq2）：
打開(kāi)代碼,，一共是7個(gè)步驟：###一、DEseq2差異分析+標(biāo)準(zhǔn)化PCA圖###二,、ENSG轉(zhuǎn)Symbol----（略）：科研部,，參考鏈接：https://（略）.com/s/l3jgf_GhglZ5pwUNhc1x1g###三、輸出差異基因###四,、作圖,，差異表達(dá)圖，熱圖,，火山圖###五,、差異基因集的GO分析###六、差異基因集的KEGG分析###七、所有基因集的GSEA富集分析第一步,、差異分析+PCA降維：
如上代碼,，是3個(gè)對(duì)照組和3個(gè)實(shí)驗(yàn)組，所以你如果你的數(shù)據(jù)是7個(gè),，你就修改為7就行,。之后，你會(huì)生成一個(gè)PCA圖（感覺(jué)分組分的不好,，這個(gè)數(shù)據(jù)有點(diǎn)問(wèn)題）：
同時(shí),，生成DEseq2差異分析結(jié)果文件：
那我們根據(jù)PCA圖可以看到有個(gè)別樣本不行，錯(cuò)綜復(fù)雜,。意思就是這個(gè)數(shù)據(jù)不太好,。那我們?cè)贀Q一個(gè)我自己的數(shù)據(jù)重新差異分析看看，數(shù)據(jù)如下：
讀入數(shù)據(jù),，DEseq2差異分析（唯一要改的就是7個(gè)對(duì)照組,，幾個(gè)實(shí)驗(yàn)組）：
PCA看看分組如何：
分的很開(kāi)，結(jié)果可靠,。差異分析結(jié)果文件如下（但是是ENSG的,，我們后續(xù)做GO、kegg,、gsea都是需要基因symbol,，所以下一步，我們要轉(zhuǎn)換）：
二,、ENSG轉(zhuǎn)Symbol:ENSG轉(zhuǎn)symbol,，請(qǐng)仔細(xì)看這篇推文（點(diǎn)擊查看）。我們測(cè)序之后,，比對(duì)到基因組文件的時(shí)候是用的哪個(gè)版本的GTF文件,，你就需要下載該版本的GTF文件，用ENSGmap進(jìn)去,，得到基因Symbol,，那我這里是自己測(cè)序的數(shù)據(jù)，用的是（略）文件,，所以就下載1_（略）.gtf.gz（怎么下載，請(qǐng)點(diǎn)擊查看）,，放在這個(gè)文件夾下：
運(yùn)行代碼（你需要自己下載gtf文件,，修改8：21的21，這個(gè)代碼意思就是說(shuō)取根據(jù)8-21列取每行的中位數(shù),，后面好比對(duì)到gtf文件時(shí),，同名的symbol處理，21的意思是7+n，n是樣本數(shù),，我是14個(gè)樣本,，所以7+14=21）：
就得到了symbol的DEseq2分析結(jié)果文件（有symbol了）：
三、輸出差異基因：
我這里取的閾值是logFC為1,，矯正后的p值小于0.05,，也就是變化倍數(shù)大于2，并且有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因作為差異基因,，用于后續(xù)的分析,，打開(kāi)如下：
我們仔細(xì)看看后會(huì)發(fā)現(xiàn)，我們第二列里面有些也是ENSG號(hào),。
我們回到GTF文件看看：
發(fā)現(xiàn)有些ENSG基因,，它的名字就是ENSG號(hào)，數(shù)量不多,，不影響的,。四、作圖,，差異表達(dá)圖,，熱圖，火山圖：首先就是做熱圖,，我們不可能將所有的差異基因都展示出來(lái),，所以這里篩選出padj<0.05和abs(log2FoldChange)>2的基因拿出來(lái)做熱圖展示，就是說(shuō)明有部分基因變化非常明顯：
接著我們畫(huà)火山圖,，說(shuō)明很多基因確實(shí)發(fā)生了變化（藍(lán)色和紅色的基因有很多）：
第五步,、差異基因集的GO富集分析：我們要先加載差異基因文件，然后將其轉(zhuǎn)化為entrezID：
我們發(fā)現(xiàn)TEC這個(gè)基因有多個(gè)entrezID：
這樣我們后面用entrezID做GO分析的時(shí)候就會(huì)報(bào)錯(cuò)：錯(cuò)誤:near"7006":syntaxerror,。如下：
這個(gè)時(shí)候,，我們就可以隨機(jī)選取該基因的任何一個(gè)entrezID都行。
所以,，最終的差異基因GO分析代碼是：
這里是將P小于0.05的結(jié)果保留下來(lái)（萬(wàn)能代碼,，這一步，你什么都不需要改,，后面的KEGG分析也是一樣,，不需要改）：
第六步、差異基因集的KEGG富集分析：先輸入差異基因,，隨后kegg富集分析,，并保存P小于0.05的結(jié)果：
再選擇P小于0.05的前10作圖，并將KEGGmap（略）下載下來(lái)：
產(chǎn)生結(jié)果文件：
第七步,、所有基因集的GSEA富集分析：是用所有基因來(lái)做GSEA富集分析,，不是用差異基因哦,，并且按照l(shuí)ogFC排序進(jìn)行GSEA富集分析，運(yùn)行到下面代碼：
P小于0.05的結(jié)果將會(huì)被保存起來(lái)：
（略）（hsa號(hào)）畫(huà)出來(lái)即可：
每一張都保存起來(lái)就行了,，就等于一篇論文（你的數(shù)據(jù)有多新,，你就能發(fā)多大的文章）：
最終的結(jié)果文件：
全套代碼一共是300多行，自己多練練就會(huì)了,，不會(huì)寫(xiě)不要緊,，看得懂就行了，每一句代碼都有注釋,。代碼和演示數(shù)據(jù)我都上傳了：
如下免費(fèi)獲?。?span id="oseimcgwi" class="open_quick_reg">（略）
“Rawcount的Deseq2包差異分析+熱圖+火山圖+GO分析+KEGG分析+GSEA分析全套萬(wàn)能代碼（附代碼交流群）”如下免費(fèi)下載：??①長(zhǎng)按下方二維碼關(guān)注??
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
②對(duì)話(huà)框輸入關(guān)鍵詞：全套代碼
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13GSEA分析傻瓜式教程
15漸變火山圖傻瓜式教程圖
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2GEO數(shù)據(jù)挖掘課
4200篇生信自學(xué)范文
6零代碼復(fù)現(xiàn)5分SCI教程
88分SCI零代碼復(fù)現(xiàn)步驟
10超全生信數(shù)據(jù)庫(kù)使用教程
12KEGG富集分析教程
14Meta分析范文+實(shí)操課
16交集基因篩選高級(jí)教程
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